Professionista dal 1985 al 1998, ottenne una settantina di vittorie, tra le quali molte di grande prestigio, come il Giro d'Italia (1990), il Campionato del Mondo (1991 e 1992), la Milano- Sanremo (1990) e il Giro delle Fiandre (1994). 

Fu più volte protagonista al Tour de France, la corsa forse da Gianni più amata, che lo vide sul podio nel 1991 (secondo) e nel 1992 (terzo).

Bugno è stato uno dei corridori italiani più completi, capace di essere protagonista sia nelle grandi corse a tappe che nelle classiche.